Szkoła Podstawowa nr 12 w Otwocku rozpoczęła swą działalność 1 września 1985 roku. Jej pierwszym dyrektorem był pan Czesław Grzyb. Po nim tę funkcję obejmowali: pani Urszula Matuszewska i pani Halina Ostrowska. Od 1991 do 2002 roku dyrektorem szkoły był pan Andrzej Szaciłło.
W wyniku wyborów samorządowych w 2002 roku pan dyrektor został wybrany Prezydentem Miasta Otwocka. W związku z tym, od listopada 2002 roku, dyrektorem naszej szkoły została pani Danuta Szyszko. Obecnie, od 1 września 2017 roku, szkołą kieruje p. Beata Szydłowska.
Dnia 23 marca 2004 roku Rada Miasta Otwocka Uchwałą nr XVI/158/04 na prośbę uczniów i nauczycieli postanowiła nadać Szkole Podstawowej nr 12 w Otwocku imię Kornela Makuszyńskiego. Oficjalna uroczystość nadania imienia naszej szkole odbyła się 28 kwietnia 2005 roku i była połączona z uroczystymi obchodami 20. rocznicy istnienia placówki.